高通量测序技术（High-throughputsequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变， 以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。
有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing，NGS)，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(Deep sequencing)。
1、主流平台
1）Roche 454焦磷酸测序
2）Illumina Solexa 合成测序
3）ABI SOLiD连接法测序
不管是哪个高通量测序平台，其具体实现原理可能不同，但都是边合成边测序，也就是说通过在序列合成的同时通过各种标记进行实时的序列识别。
2、测序过程
1）样本准备（sample fragmentation）
2）文库构建(library preparation)
3）测序反应(sequencing reaction)
4）数据分析(data analysis)
3、意义
高通量测序技术的诞生可以说是基因组学研究领域一个具有里程碑意义的事件。该技术使得核酸测序的单碱基成本与第一代测序技术相比急剧下降, 以人类基因组测序为例, 上世纪末进行的人类基因组计划花费 30 亿美元解码了人类生命密码, 而第二代测序使得人类基因组测序已进入万(美)元基因组时代。如此低廉的单碱基测序成本使得我们可以实施更多物种的基因组计划从而解密更多生物物种的基因组遗传密码。同时在已完成基因组序列测定的物种中, 对该物种的其他品种进行大规模地全基因组重测序也成为了可能。
