鉴于其基因的高密度和多态性，在研究之初，专门成立了一个委员会，对不同的HLA等位基因制定了统一的命名规则。一个典型的HLA等位基因名称，示意图如下：
HLA是固定前缀；
A代表基因名称，前缀和基因名称之间用短横线连接；
*星号作为分隔符，分隔符之后是同一个基因的不同allel,由冒号分隔的多个部分构成，最多包含4个部分；
第一组 02代表不同的血清学类型，根据血清学鉴定的结果对不同抗原进行分类；
第二组 101代表一种特定类型的蛋白；
第三组 的01代表发生在编码区的同义突变；
第四组 的02代表发生在非编码区的基因突变；
N 为后缀，代表了蛋白的表达水平。
每一个HLA的Allel都会有一个唯一的ID,有时会在这些ID后面添加不同的后缀，不同后缀的含义不同（N、L、S、Q、C、A），具体解释如下：
N 表示该等位基因不表达；
L 代表low, 表示这种allel的表达水平相比正常水平要低；
S 表示蛋白产物不是位于细胞表面，而是一种可溶性的分泌蛋白；
C 表示蛋白产物不是位于细胞表面，而是位于细胞质中；
A 表示不确定这个allel的蛋白产物是否存在；
Q 表示这个allel会对其他等位基因的表达造成影响。
