一代测序结果峰图的基本知识

1、一代测序结果

测序公司发送的测序结果一般有一个峰图文件和一个序列文件,峰图文件为ABI格式,用chromas软件(网上可下载)打开。峰图用四种颜色的波形代表四种碱基的信号强度;正常的峰图,波峰与波谷清晰,峰与峰之间的距离均匀;比较理想的测序结果在底部应该没有杂峰干扰;

测序峰图的基本知识

2、起始序列说明

1)测序结果的前几十bp不能用(下图中黄色区域标出的区域),在拼接序列或序列比对时需要先去除这部分不太可靠的数据,以免影响分析结果;

2)在使用PCR引物测序时由于PCR引物上的碱基是不带染料的,所以检测不到信号,在测序结果中也找不到引物的序列,如连接到载体使用载体上的通用引物测序则可以找到PCR引物;

测序峰图的基本知识

3、有效读长

测序公司给出的峰图在1000~1200bp之间,但超过800bp后的各种波之间有重叠,波峰有钝化现象,碱基与碱基间的距离有时突然加大(此图中的812bp~813bp),这些现象都会影响结果的准确性,所以只能做为参考.所以说有效片段为800bp左右.

测序峰图的基本知识

4、SNP位点

SNP位点为纯合时成单峰,若主杂合子时,会形成套峰现象;测序公司给的结果序列文件通常只读主峰——即序列文件不会报告SNP杂合,需要自己打开峰图文件判读。

一代测序分析SNP

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