分子遗传标记是以物种突变造成DNA片段多态性为基础的，具有许多优点：
1、直接探测DNA水平的差异，不受时、空的限制；
2、标记数量丰富、多态性高；
3、共显性标识，可以区分纯合子与杂合子；
4、可以解释家系内某些个体的遗传变异；
5、可以鉴定不同性别、不同年龄的个体。
随着基因工程特别是DNA重组技术的发展，现在人们已确知动物不但有毛色、体态、血型、染色体等的多态性，而且有DNA水平的多态性，特别是20世纪80年代以后，研究DNA多态性的各种遗传标记方法发展极其迅速，分子遗传标记应用于动物育种成为现实。
